虽然高果糖浆和玉米糖浆的使用越来越多，但蔗糖的产量依然很大，每年人均大约三十公斤。蔗糖的生产中，甘蔗和甜菜对气候的要求不同。甜菜适合在温带地区生长，在美国适合种植的地区更多。所以甜菜生产的蔗糖大约占到蔗糖总产量的55%，每年的产值多达十几亿美元。

在甜菜的种植中，杂草的存在是个大问题。如果不进行锄草，它们会跟添草抢夺肥料、水、和阳光，不仅增加了对肥料的需求，还容易影响产量。大规模种植中，传统上有三种锄草方式。一是机械化锄草，但这不仅需要设备，也需要操作成本，而且锄草时也难免伤到甜菜。二是用除草剂，但传统的除草剂毒性也比较大，而且对甜菜也有影响。三是人工锄草，但美国的劳动力成本使得这种方式很难实施。

抗除草剂的转基因甜菜也就具有了很大的吸引力。早1998年，孟山都和拜尔就各有一个抗除草剂的品种获得了批准。到2005年，孟山都又有一个新的抗除草剂品种得到了批准，然后开始了大规模种植。这一品种转入了抗草甘膦基因，从而对草甘膦具有抗性。草甘膦是一种安全性很高的除草剂，可以有效地除去多种杂草。因此，这一品种不需要人工也不用机械，喷洒草甘膦就可以杀死杂草，而甜菜却安然无恙。

这个品种一经推出，就大受农民欢迎。除了美国，加拿大和日本也批准了它的种植。此外，欧盟、中国、俄罗斯、韩国、澳大利亚等9个国家虽然没有批准种植，但批准了进口用于食用。不过，它的转基因身份毫不意外地引来了质疑。用转基因甜菜生产的糖跟普通甜菜或者甘蔗生产的糖都没有区别，反对者们也就无法在食用安全性上做文章。所以，他们把目光放在了“环境安全性”上。2008年，包括民间食品安全机构和有机种子公司在内的几个机构起诉美国农业部，指控他们所进行的环境安全评估不完善，宣称转基因甜菜有可能污染传统甜菜。

法院受理了这一起诉。2009年9月，加州的一个地区法院裁定原告的指控成立，裁定农业部“没有完全考虑转基因甜菜带来的环境风险”。据此，原告提出在新的环境安全评估完成之前，应该禁止转基因甜菜的进一步种植和加工。这对于农民来说无疑有着巨大影响，而农业部则预测：如果真的实行，那么美国将引来一次食糖短缺。

2010年3月，法院驳回了原告的这一要求。到8月中旬，正式取消了农业部2005年作出的批准许可，但规定此前已经种植的可以继续种植、收获和加工，而生产的种子也可以收获保存。

不过，这意味着如果新的环境安全评估不能及时完成，下一年农民们将不能继续种植这一品种。11月份，农业部发布了一个“部分监管”环评报告，给了30天的公众反馈期。反馈期间没有收到有效反对，2011年2月他们发布了最终报告，决定实施“部分监管”。也就是，经过农业部特别许可，在遵守一些强制的种植规范的前提下可以种植。那一年，美国种植的甜菜中转基因品种的比例达到了95%。

2011年10月，农业部又发布了新的环境安全和生物风险评估草案，并到2012年6月成为最终版本。基于这一评估，再次批准了这个转基因甜菜品种，农民可以自由种植。

甜菜的问题解决了，但这个案例让农民和转基因种子公司很不安。因为即使农业部批准了一个转基因品种，反对力量也还是可以提出类似的诉讼来影响种植。于是，2012年6月，一位参议员提出了“农民保证条款”，内容是：对于一个农业部已经批准种植的转基因品种，即使法院推翻了该批准，农业部也可以接受农民或者种子公司的申请，颁发临时种植许可。

其实这就是甜菜事件的操作方案。但那个操作是“临时起意”，并没有法律依据，“农民保护条款”则是把这一操作以法律的形式固定下来。2013年3月，参众两院通过之后，奥巴马总统签署生效，有效期6个月。

但这个条款对于反对者很不利。它意味着，如果农业部的批准“真的错了”，那么起诉将无法阻止“被错误批准”的品种继续种植。而这一条款是那位参议员与孟山都一起起草的，条款内容又对转基因种子公司有利，所以被反对者称为“孟山都保护法案”。它的通过引起了转基因反对者的强烈反弹。它与加州要求强制标注转基因的37号提案被全民投票所否决，引发了2013年5月发生的“反动孟山都游行”。

2013年9月底，该条款到期，没有列入参院的表决，从而作废。

迄今为止，获得商业化种植许可的转基因甜菜都是抗除草剂的，其价值在于降低生产成本。作为一种前景广阔的技术，这仅仅只是起点而不是终点。目前正在开发的转基因甜菜，还有抗病毒、抗真菌、抗虫、抗旱的品种。这些品种的成功，将使得甜菜种植中不需要那么多农药，或者减少干旱带来的损失。此外，还有改变营养组成的品种，比入生产寡居果糖和菊糖的品种。寡聚果糖和聚糖是广为接受的益生元。如果这一产品获得成功，将使甜菜的价值发生革命性的改变。